De nombreux cours d’eau sillonnent le territoire, le plus important étant sans conteste la Loire
La région est également riche en zones humides, qui présentent une biodiversité remarquable : marais de Limagne à Saint-Jean-de-Nay, zones humides de Borne, Vernassal et Saint-Victor-sur-Arlanc…
Le lac de Malaguet (Monlet/Félines/Sembadel), les étangs de La Tour et du Breuil (La Chaise-Dieu) ou encore l’étang de la Plaine (Beaulieu) sont d’origine anthropique. Réserve naturelle régionale depuis 2014, le lac de Malaguet abrite des gazons amphibies d’une très grande originalité, comme la littorelle à une fleur et l’élatine à six étamines. Le lac présente par ailleurs un fort intérêt ornithologique et faunique.
On trouve aussi deux sources d’eau minérale. À Félines, les sources de la Souchère ont été exploitées de 1860 à la Première Guerre mondiale : au début du 20e siècle, des milliers de curistes viennent à La Souchère-les-Bains pour bénéficier des bienfaits de son eau ferrugineuse et gazeuse et se ressourcer au milieu des forêts de sapins. Des hôtels, cafés-restaurants et même une gare sur la ligne de chemin de fer entre Craponne et La Chaise-Dieu sont construits. L’eau est embouteillée et distribuée jusqu’à Paris. Le conflit mondial sonne le glas des thermes de La Souchère.
La source minérale de Serville, sur la commune de Beaulieu, a été exploitée à partir de 1866. Riche en bicarbonate, elle est embouteillée pour être vendue dans toute la Haute-Loire et dans la Loire. Cependant, en 1966, mauvaise gestion et renforcement des mesures d’hygiène mettent un terme à l’entreprise.
